Trò chơi lấy bối cảnh thế giới giả tưởng của Rivellon, hàng thế kỷ sau thời đại Divinity: Original Sin. Những sinh vật sống trên Rivellon có một dạng năng lượng được gọi là Source và các cá nhân được gọi là Sourcerers có thể điều khiển Source để sử dụng phép thuật hoặc tăng cường khả năng chiến đấu cho họ. Bảy vị thần của Rivellon đã từ bỏ một phần Nguồn sức mạnh tập thể của họ và truyền nó vào một người, Lucian, người trở thành một vị Thần, với vai trò là người được quyền sử dụng sức mạnh của mình để kìm hãm Void.
Tuy nhiên, Lucian đã chết trước khi trò chơi bắt đầu, anh ta đã làm suy yếu Veil giữa Void và Rivellon, và những sinh vật quái dị của Void được gọi là Voidwoken đang bắt đầu xâm chiếm Rivellon. Voidwoken bị lôi cuốn vào việc sử dụng Source, điều này đã dẫn đến sự áp bức của Sourcerers, chủ yếu bởi một tổ chức có tên là Divine Order kèm theo các Pháp sư thi hành ý chí của họ. The Void cũng là nhà của một vị thần bóng tối được gọi là Vương Thần. Khi bắt đầu trò chơi, nhân vật chính của người chơi là một Sourcerers, người bị bắt bởi Divine Order và được gửi đến một pháo đài trên đảo được gọi là Fort Joy. Fort Joy là một nhà tù dành cho Sourcerers, rõ ràng là để chữa trị cho họ về sức mạnh Source của họ, nhưng thực tế lại “thanh trừng” Sourcerers để biến họ thành những kẻ vô tâm. Trong cuộc hành trình tới Fort Joy, quái vật Kraken Voidwoken khổng lồ sẽ tấn công và đánh chìm con tàu, nhưng nhân vật người chơi được cứu thoát khỏi chết đuối bởi một giọng nói bí ẩn, người gọi người chơi là “Godwoken”.
Tỉnh dậy bên bờ Fort Joy, Godwoken chứng kiến chế độ tàn bạo của Divine Order trên đảo, do con trai của Lucian là Giám mục Alexandar và giám đốc điều hành Dallis của ông. Godwoken cũng biết về một vị vua Sourcerers độc tài tên là Braccus Rex, người đã sống và chết khoảng 1000 năm trước. Godwoken trốn thoát khỏi pháo đài và ghé thăm Hall of Echoes, vương quốc của Bảy vị thần, nơi Godwoken gặp một trong bảy người. Vị Thần giải thích rằng anh ta hoặc cô ta là tiếng nói bí ẩn đã giải cứu Godwoken khỏi chết đuối, và Godwoken phải trở thành vị Thần tiếp theo. Veil bị suy yếu đã cho phép Void xâm nhập vào Rivellon và sức mạnh của các vị thần bằng cách nào đó đang bị rút cạn. Do đó, sự thăng thiên của một Divine mới là điều cần thiết để kìm hãm Void.
Godwoken trốn thoát khỏi hòn đảo, nhưng Dallis chặn được Godwoken trong cuộc hành trình của họ, được hỗ trợ bởi một nhân vật bí ẩn đầu tên là tên trùm Vredeman, người sử dụng phép thuật Source mạnh mẽ. Tuy nhiên, Godwoken đã tìm cách trốn thoát.
Các Godwoken đi thuyền đến đảo Reaper’s Coast, nằm dưới sự kiểm soát của Divine Order. Ở đó, Godwoken dần dần mở rộng sức mạnh Source của họ cho đến khi họ đạt được quyền làm chủ Source. Godwoken cũng gặp lại đấng Chúa của họ, người hướng dẫn Godwoken đến Well of Ascension, nơi Godwoken sẽ có thể hấp thụ đủ Source để trở thành Thần thánh. Trong thời gian ở Reaper’s Coast, Godwoken cũng biết rằng Dallis và các Magisters đã khai quật được Aeteran, một cổ vật mạnh mẽ với quyền năng vô hạn để thanh trừng Source. Ngoài ra, Godwoken gặp một người bất tử được gọi là Aeterna,
danh bai doi thuong . Aeterna tuyên bố rằng cô là thành viên của một chủng tộc được gọi là Eternals, đây chính là người gốc chủng tộc Rivellon. Bảy vị thần tự cho mình là Eternals, nhưng họ khao khát quyền lực cai trị như những vị thần. Để thực hiện điều này, Seven đã phản bội các Eternals khác và trục xuất họ vào Void, và sau đó tạo ra các chủng tộc Rivellon theo cách riêng của họ, từ đó các vị Thần sẽ có thể rút được một lượng lớn Source và trở nên cực kỳ mạnh mẽ.
Godwoken đi thuyền đến Đảo Namless nơi đặt Well of Ascension. Ở đó, họ biết rằng các Eternals trong Void đã trở thành Voidwoken, và cho rằng vua của các Eternals trước khi bị trục xuất là vị thần hiện được gọi là Vua Thần. Hơn nữa, các vị vua, Voidwoken có ý định trở lại Rivellon và đòi lại ngôi báu hợp pháp của họ. Godwoken tìm đường đến Well of Ascension, nhưng trước khi họ có thể hấp thụ Source bên trong và trở thành Thần thánh, Dallis xuất hiện cùng với các Aeteran và phá hủy Well of Ascension. Sự thất bại của Godwoken để trở thành Thần thánh đã chọc giận đấng Chúa của họ, kẻ tấn công Godwoken trong tuyệt vọng, GodWoken đã dành chiến thắng.
Nữ thần theo đuổi Dallis đến Lăng mộ Lucian, nằm ở thành phố cảng Arx, nhưng cô đã thấy rằng Lucian còn sống trong đó. Lucian tiết lộ rằng anh ta giả chết và trốn trong ngôi mộ của mình, và chính anh ta, chứ không phải Void, đã rút cạn Source từ Seven. Lucian dự định sẽ thanh lọc tất cả Source từ Rivellon và sử dụng nó để phong ấn vĩnh viễn Seal the Veil, mang lại hòa bình cho thế giới. Dallis, người nắm giữ bí mật của sự vĩnh cửu, đã giúp đỡ Lucian. Cuối cùng, cô đã hồi sinh Braccus Rex, người đã phục vụ Dallis dưới cái tên Vredeman.
